ראשית יש לבדוק את נימוקי הבוחן שכן לפעמים הבוחן לא יורד לניואנסים של ההמצאה. לעיתים הבוחן מבין את ההמצאה אך בכוונה תחילה הוא מעלה את ההשגות, כדי שמבקש הפטנט יטרח ויעלה על הכתב את נימוקי ההמצאתיות לעומת אותם הציטוטים, ולא הוא.
לאחר שנימוקי הבוחן נלמדו, בייחוד עמידתה של ההמצאה בדרישות החידוש וההתקדמות ההמצאתית לאור הציטוטים שהביא, מגיש בקשה לפטנט יכול לשנות את התביעות ואף את הניסוח של פירוט הבקשה שלו לפטנט, בדרך כלל במטרה לצמצם את גבולות ההמצאה הנתבעת. במידה ומגיש בקשה לפטנט מגיע למסקנה שהבוחן שגה, הוא יכול לנמק מדוע.

השגותיו של בעל בקשה לפטנט ("מענה לדו"ח הבחינה") צריכות להיות ערוכות לפי המקובל במדינה בה הוגשה הבקשה לפטנט. הבקשה לפטנט נבחנת שוב לאור התשובה ו/או השינויים שנעשו. במידה והבוחן מקבל את השינויים ו/או הנימוקים, הוא מודיע על כך למבקש הבקשה. במידה ולא, אזי הוא מנפיק דו"ח בחינה חדש.

הליך זה (דו"ח בחינה ומענה לדו"ח) יכול להתרחש יותר מפעם אחת.

לפי הפרקטיקה הישראלית, באם בעל הבקשה לפטנט משנה את אחד העמודים, ואין זה משנה אם מדובר בעמוד של הפירוט או התביעות, עליו לציין בראש העמוד את מספר הבקשה ומספר הגירסה של העמוד. הנוהל הוא שהדף החדש מחליף את הדף הישן. אםשר כמובן להוסיף דפים נוספים, או למחוק דפים. כמו כן, נהוג לספק גם גירסה השוואתית, שמתארת את השינויים שנעשו בדפים שהוחלפו. כנ"ל לגבי גיליונות השרטוט.